法律分析：根据《新型农村合作医疗制度实施办法》，新农合参保人员住院治疗费用实行按病种分别核定，报销比例分为两档标准。
法律依据：
1.《新型农村合作医疗制度实施办法》第四十二条规定，普通病种住院治疗费用，新农合参保人员报销比例按病种分别核定，不同地区、不同医院病种报销比例不同。
2. 《新型农村合作医疗制度实施办法》第四十三条规定，恶性肿瘤等重大病种住院治疗费用报销比例不低于80%。
3. 《新型农村合作医疗制度实施办法》第四十四条规定，符合条件的特殊病种住院治疗费用，报销比例不低于80%。
综上所述，新农合住院医疗报销比例按病种分别核定，不同地区、不同医院病种报销比例不同，普通病种报销比例一般在60%左右，而恶性肿瘤等重大病种及符合条件的特殊病种报销比例不低于80%。
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