1、概念不同。
医保指社会医疗保险。社会医疗保险是国家和社会根据一定的法律法规，为向保障范围内的劳动者提供患病时基本医疗需求保障而建立的社会保险制度。基本医疗保险基金由统筹基金和个人账户构成。
公费医疗是指国家为保障国家工作人员而实行的、通过医疗卫生部门按规定向享受人员提供免费医疗及预防服务的一项社保制度。
2、覆盖人群不同。
医保覆盖人群包括职工、居民，但公费医疗仅限于公务员。
3、保障范围不同。
公费医疗保障相对医疗保险范围更大，报销比例更高。
4、负担主体不同。
公费医疗由单位负担，纳入本部门预算；因急症不能赴指定医疗单位就诊，在就近医疗单位（国家、集体）就诊的医药费。
医保由社保基金支付，享受医保的都是企业职工和被剥离的原事业单位职工。
5、报销比例不同。
公费医疗是单位出钱，报销全部。享受公费医疗人员，在指定医疗单位就诊的医药费（含床位费、检查费、药品费、治疗费、手术费等）。
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