一、体系上重逻辑、知识论
二、教义在因明义理中的贯穿
1、唯识的三性、三分说的体现
陈那因明中又有四种现量，即五根现量、俱意现量、自证现量和瑜伽现量，现量是直接与真谛相通的。是对自相的认识，是认识主体第一刹那的纯感觉。对四种现量的形成机制，贯彻了唯识宗的见分、相分、自证分的三分说。第一种是五根现量，这是五根见分对色、声、香、味、触等相分分别的当下感知。第二种是俱意现量，是于五识根俱发起之时，意根的自体有跃证对象的自相之行为的直观。第三种自证分现量，亦云是贪等的自证分，是在自己证知贪、嗔、痴、苦、乐等心所的一切，也就是说此贪嗔痴等而自觉，以其事而看自体，则亦是本质直观。第四种是瑜伽现量，是说修瑜伽行者离一切教的分别，而崛起实义之智。可以说凡修佛道的净业者，在依教说而悟人，又进而超越一切教说，迄至于彻底的觉证，这种超越一切对象的自觉，已超越了纯感觉，是一种理性直观。
2、中观的空假中道的追求
藏传因明中又有五大金刚论式又称“五大因理论”，是中观应成派对教义的因明论证：
(1)金刚屑因及分析原因金刚摧毁因明论式：“一切物体没有谛实(绝对实在性)生起的，因为不从自、他、俱(自他两者)、无因生起，或说‘不从四边生起’。”这是从事物产生的因的分析。
(2)破有无生因即分析数目否定有无生因明论式：是从观察事物果的角度：“一切物体无谛实，因为在自身的因位时并不从有、无、俱(亦有亦无)、俱非(非有非无)生起。”
(3)破四句生因即分析结果否定由四句生的因明论式：是破除佛家有宗(瑜伽行宗)的“因能生果”的偏执：“物体无谛实，因为于真一因不生一果也不生多果；多因不生一果也不生多果。”四句即是指一因生一果，一因生多果；多因生一果，多因生多果。
(4)离一、多因即分析诸法自性离一与多的因明论式：是直接从事物的本性上去论证空性：“物体无谛实，因为无谛实的一与多之任何一种。”
(5)缘起因即理性之王缘起的因明论式：“一切物体没有谛实，因为是缘起。”缘起者性空，故破除了遍计所有的“常边”，而缘起又有显现，故又破除了“断边”。前四论式都是破除常边，但不能防止堕入断边，而本论式，执著中道．同时破除二边，故最为合理，称之为理性之王。
三、有破有立与只破不立
四、因明的作用和地位