量子物理学认为，世界上的一切皆为能量，皆为振动。构成世界万物的原子中还可以分为电子与中子等粒子，这些粒子都具有周期性的振动特质以及电磁性，因此世界上的万事万物都是振动的，因振动率的不同，而形成了各种物质。
水晶疗愈的运作基于量子物理学，每个物质都是在由不同振动的能量所组成，而人体出于内在或外在因素造成的低频率振动，常会让我们感觉身体不适，负面情绪，甚至灵魂受伤。
水晶能量疗愈原理在经二十多年的研究之后，大卫霍金斯在《心灵能量：藏在身体里的大智慧》一书中提到，人的身体受振动频率影响，只要频率低于两万赫兹（一赫兹为一秒振动一次）就会削弱身体健康，提高频率则会恢复健康，因此能量疗愈必须受到重视。
能量疗愈的原理建立于共振原则上，当两种拥有不同频率的物质相遇，振动频率较强的一方会使较弱的一方以相同的频率振动，形成同步共振的现象。也就是说强大的振动频率能投射到另一个物体之上，是振动较弱的一方受刺激，而与振动频率较强的物质发生共鸣而振动。
生物除了肉体之外，还有看不见的身体——生物磁性能量场，磁性能量场来源于生物体内电子传导时所形成的生物电能，某些器官能形成特强烈的磁性能量场，如：心脏、肝脏、脾脏、大脑、眼球。将之运用到医学上，就成了常见的心电图及脑电图，以及透过水分子和磁性能量场之间的共振，对人体内部进行扫描寻找病灶的核磁共振显影。
水晶矿物，由于形成时间长，吸收天地精华，化学性质非常稳定，并且具有较高的振频，于是常常用于作为个人运势及风水调理，这种频率的共振调理，是无伤害性无侵入性。电脑手机也具有强振频，但是这种振频是有侵入性有伤害性的，与水晶的高频共振有本质上的不同。水晶矿石由于其反射的光能不同，晶系结构不同，内容物不同，使各种水晶具有不同的振频，能分别针对人类身心灵各部分，形成疗愈效果，协助平衡我们的身心灵。
水晶能量疗愈原理水晶因光而美丽，人的光就是能量体，当灵魂状态越混浊时，吸引来使用的矿石也会浑浊的，在独自挑选水晶矿石时，很容易选到自己最不需要的，这时就能体现水晶疗愈师的重要性。
水晶作用在灵性体上能量最大，在身体产生问题前两三个月，在能量场上已经有了征兆，所以现代医学的方向都是——治未病。当我们配合运用适合的水晶疗愈技巧，便能进入深层次问题的源头，对于自我的理解和认识便会由内在浮现，因此，提高思想意识，情绪变得敏感，并且揭开了那些隐藏的记忆，有关身体疾病背后的相关思想、情绪和灵性的原因便会被发现处理，这样，水晶的能量就能被运用、创造疗愈、平衡和提升。